转换方向与单链类型选择
在进行核酸序列转换时,正确选择转换方向和单链类型是确保结果符合生物学实际的关键。本工具支持以下两种转换方向:
- DNA → RNA:将脱氧核糖核酸序列转换为核糖核酸序列。
- RNA → DNA:将核糖核酸序列转回脱氧核糖核酸序列。
根据您输入的序列属性,您需要选择对应的单链类型:
- 编码链(正义链):此单链的序列与转录出的信使 RNA(mRNA)序列一致(仅存在 T 与 U 的区别)。在进行 DNA → RNA 转换时,系统会将每个
T替换为U;在进行 RNA → DNA 转换时,则将每个U替换为T,其余碱基保持不变。 - 模板链(反义链):此单链是转录过程中细胞实际读取并作为模板的链。选择此项时,系统会对每个碱基进行互补配对转换。对于 DNA → RNA,转换规则为
A→U、T→A、C→G、G→C。
简并碱基与特殊字符处理规则
本工具不仅支持标准的 A、T、C、G、U 碱基,还完整支持 IUPAC-IUB 简并核酸代码。这些代码用于表示序列中不确定的多种可能碱基,其互补映射遵循 Cornish-Bowden 于 1985 年发表的学术规范:
- 互补简并代码:在模板链转换中,简并代码会精确映射到其互补代码,即
R↔Y、K↔M、B↔V、D↔H。 - 自互补代码:
S(强结合:G 或 C)、W(弱结合:A 或 T/U)以及N(任意碱基)在模板链转换中保持不变。 - 格式保留:转换过程中会严格保留小写字母的大小写状态,并且对齐空位标记(
-)也会原样保留。 - 自动过滤:输入序列中的空格、换行符、数字和标点符号会被自动忽略并清除,系统会显示提示信息:忽略了
‹n›个空格、数字和标点符号。。
FASTA 格式支持与多行合并
本工具对 FASTA 格式高度友好,能够自动识别并处理标准的序列标头:
- 单标头保留:如果输入序列开头包含以
>(或旧版 FASTA 注释规范中的;)起首的名称行,系统会予以保留,并在结果上方原样输出,同时显示提示:保留了名称行。。 - 多标头合并:若输入中检测到多个名称行,系统会自动将所有序列行合并为一条连续序列,并提示:发现了
‹n›个名称行——序列行已合并为一行。。
GC 含量计算公式与统计
工具在输出转换结果的同时,会实时提供序列统计数据,包括输入碱基数、结果碱基数以及 GC 含量。
GC 含量的计算严格遵循以下公式:
GC 含量 = (G + C + S) / (A + C + G + T + U + W + S) × 100%
在此公式中,简并碱基 S(G 或 C)被计入 GC 贡献,而 W(A 或 T/U)被计入 AT 贡献。其他由于 GC 贡献不确定(如 R、Y、K、M、B、V、D、H、N)的简并碱基,则不参与分子和分母的计算。若序列中不含任何可计算的碱基,则不显示百分比。由于 T 与 U 的转换以及互补链转换不会改变碱基的分类属性,因此转换前后的 GC 含量数值保持一致。
错误提示与输入限制
为了保证浏览器的运行效率,工具设置了以下输入限制与错误拦截机制:
- 长度限制:输入序列的原始字符数必须在 2,000,000 个字符以内。若超出此限制,系统将拦截并提示:该序列对于此工具来说太长了。请控制在
‹max›个字符以内。。 - 非法字符拦截:若输入中包含非允许的碱基字母,系统会触发错误提示:不支持的字母:
‹chars›。仅允许输入 DNA/RNA 碱基字母。。该提示最多会列出前 6 个不同的非法字母。需要注意的是,空格、数字和标点符号会被直接过滤,不会触发此错误。
本地处理与隐私说明
你的序列会在浏览器本地转换,不会上传到 BroBroGo。
常见问题
FASTA 标头、数字和空格会如何处理?
以 > 开头的名称行会被保留并显示在结果上方。空格、换行符、数字和标点符号会被忽略,输入框下方的提示会告知您移除了多少字符——没有任何内容会被默默丢弃。
我可以粘贴像 N、R 或 Y 这样的简并碱基代码吗?
是的。简并 IUPAC 碱基符号会被保留:普通转换仅处理 T 和 U,而模板链转换会将每个代码映射到其对应的互补碱基(R↔Y,K↔M;S、W 和 N 保持不变)。对齐空位标记(-)会被保留,小写字母也会保持其大小写状态。
编码链和模板链有什么区别?
编码链(正义链)与信使 RNA 一致,只需将 T 替换为 U。模板链(反义链)是细胞实际读取的链,因此每个碱基都会进行互补配对:A→U,T→A,C→G,G→C。请根据您输入的序列的编写方式来选择对应的链。
RNA → DNA 会得到什么结果?
生成您 RNA 的 DNA 副本:每个 U 都会变成 T,其他保持不变。这是反转录酶会产生的 cDNA 序列,在下游工具仅接受 DNA 时非常有用。