DNA နှင့် RNA ဆီကွန့်စ်များ အပြန်အလှန် ပြောင်းလဲခြင်း
မော်လီကျူး ဇီဝဗေဒတွင် DNA နှင့် RNA ဆီကွန့်စ်များအကြား အပြန်အလှန် ပြောင်းလဲခြင်းသည် သုတေသန လုပ်ငန်းစဉ်များအတွက် အခြေခံကျသော လုပ်ဆောင်ချက်တစ်ခု ဖြစ်သည်။ DNA RNA အစီအစဉ် ပြောင်းလဲကိရိယာ သည် DNA ဆီကွန့်စ်များကို RNA သို့လည်းကောင်း၊ RNA ဆီကွန့်စ်များကို DNA သို့လည်းကောင်း လွယ်ကူစွာ ပြောင်းလဲပေးနိုင်ရန် ဒီဇိုင်းရေးဆွဲထားသည်။ ဤကိရိယာသည် သုံးစွဲသူ၏ လိုအပ်ချက်အပေါ် မူတည်၍ ကုဒ်ဒင် (Coding - sense) strand သို့မဟုတ် ပုံစံခွက် (Template - antisense) strand ကို အခြေခံကာ ပြောင်းလဲခြင်းများကို လုပ်ဆောင်ပေးနိုင်သည်။
ပြောင်းလဲခြင်း လုပ်ဆောင်ရာတွင် စာလုံးအသေးများ၊ alignment gap အမှတ်အသားများနှင့် မရေရာသော IUPAC ambiguity code များကို မူလအတိုင်း ထိန်းသိမ်းပေးပြီး၊ ဟာကွက်များ၊ ဂဏန်းများနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ်များကို အလိုအလျောက် ဖယ်ထုတ်ပေးသည်။ ထို့အပြင် FASTA format ဖြင့် ထည့်သွင်းမှုများကိုလည်း ကောင်းမွန်စွာ အသိအမှတ်ပြုပြီး sequence name header များကို ဆက်လက် ထိန်းသိမ်းပေးသည်။
အသုံးပြုနိုင်သော ထည့်သွင်းမှုစနစ်များနှင့် ကန့်သတ်ချက်များ
ဤကိရိယာတွင် အောက်ပါ သတ်မှတ်ချက်များအတိုင်း ထည့်သွင်းအသုံးပြုနိုင်သည် -
- ဆီကွန့်စ်: DNA သို့မဟုတ် RNA ဆီကွန့်စ်ကို ရိုးရိုးစာသား (Plain text) သို့မဟုတ် FASTA format ဖြင့် ထည့်သွင်းနိုင်သည်။ FASTA format တွင် အမည်လိုင်းကို
>ဖြင့် စတင်ရမည်ဖြစ်ပြီး၊ ရှေးဦး FASTA comment ထုံးစံအတိုင်း;ဖြင့် စတင်သော လိုင်းများကိုလည်း အလားတူပင် အသိအမှတ်ပြု။ - အရှည်ကန့်သတ်ချက်: ထည့်သွင်းမည့် ဆီကွန့်စ်၏ စာလုံးရေသည် raw input အနေဖြင့် ၂,၀၀၀,၀၀၀ (2,000,000) အောက်သာ ဖြစ်ရမည်။ ၎င်းထက် ကျော်လွန်ပါက
ထိုဆီကွန့်စ်သည် ဤကိရိယာအတွက် ရှည်လွန်းနေပါသည်။ စာလုံးရေ ‹max› အောက်သာ ထားရှိပေးပါ။ဟူသော အမှားသတင်းစကားကို ပြသမည်ဖြစ်သည်။ - ပြောင်းလဲခြင်း (Direction):
DNA → RNAသို့မဟုတ်RNA → DNAကို ရွေးချယ်နိုင်သည်။ - မျှင်:
ကုဒ်ဒင် (Coding - sense)သို့မဟုတ်ပုံစံခွက် (Template - antisense)ကို ရွေးချယ်နိုင်သည်။
ပြောင်းလဲခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းများနှင့် အထူးအခြေအနေများ
ဆီကွန့်စ်များကို ပြောင်းလဲရာတွင် အောက်ပါ စည်းမျဉ်းများအတိုင်း တိကျစွာ လုပ်ဆောင်သည် -
၁။ ကုဒ်ဒင် (Coding - sense) strand ပြောင်းလဲခြင်း
- DNA → RNA ပြောင်းလဲမှုအတွက်
Tတိုင်းသည်Uဖြစ်လာသည်။ - RNA → DNA ပြောင်းလဲမှုအတွက်
Uတိုင်းသည်Tဖြစ်လာသည်။ - အခြားသော base များအားလုံးသည် မပြောင်းလဲဘဲ ကျန်ရှိနေမည်။
၂။ ပုံစံခွက် (Template - antisense) strand ပြောင်းလဲခြင်း
ဤစနစ်တွင် base တစ်ခုစီကို ၎င်း၏ ဖြည့်စွက်ဖက် (complement) အဖြစ် ပြောင်းလဲပေးသည် -
- DNA → RNA အတွက်:
A→U၊T→A၊C→G၊G→Cဖြစ်လာသည်။ - မရေရာသော IUPAC ကုဒ်များကို ၎င်းတို့၏ သင့်လျော်သော ဖြည့်စွက်ဖက်များသို့ ချိတ်ဆက်ပေးသည်:
R↔Y၊K↔M၊B↔V၊D↔Hဖြစ်ပြီး၊S၊Wနှင့်Nတို့သည် self-complementary ဖြစ်သောကြောင့် မပြောင်းလဲဘဲ ကျန်ရှိနေမည်။
၃။ အထူးစာလုံးများနှင့် ဖယ်ထုတ်မှုများ
- စာလုံးအသေးများသည် ပြောင်းလဲပြီးနောက်တွင်လည်း စာလုံးအသေးအတိုင်း ကျန်ရှိနေမည်။
- Alignment gap အမှတ်အသားများဖြစ်သော
-ကို မူလအတိုင်း ထိန်းသိမ်းပေးသည်။ - ဟာကွက်များ၊ စာကြောင်းအကူးများ၊ ဂဏန်းများနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ်များကို လျစ်လျူရှုပြီး ဖယ်ထုတ်ပစ်မည်ဖြစ်ကာ၊ ဖယ်ထုတ်လိုက်သော အရေအတွက်ကို
ဟာကွက်များ၊ ဂဏန်းများနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ် ‹n› ခုကို လျစ်လျူရှုခဲ့သည်။ဟု ပြသပေးသည်။ - လက်မခံသော စာလုံးများ ပါဝင်နေပါက
လက်မခံသော စာလုံးများ — ‹chars›။ DNA/RNA base စာလုံးများကိုသာ ခွင့်ပြုသည်။ဟူသော အမှားသတင်းစကားဖြင့် ပထမဆုံးတွေ့ရှိရသည့် အမှားစာလုံး ၆ လုံးအထိကို ထုတ်ပြပေးမည်ဖြစ်သည်။
GC ပါဝင်မှု တွက်ချက်ခြင်းစနစ်
ဆီကွန့်စ်အတွင်းရှိ GC ပါဝင်မှု ကို အောက်ပါ ပုံသေနည်းအတိုင်း တွက်ချက်သည် -
GC ပါဝင်မှု = (G + C + S) / (A + C + G + T + U + W + S) × 100%
ဤတွက်ချက်မှုတွင် မရေရာသောကုဒ် S (strong: G သို့မဟုတ် C) ကို GC အဖြစ် ရေတွက်ပြီး၊ W (weak: A သို့မဟုတ် T) ကို AT အဖြစ် ရေတွက်သည်။ အခြားသော degenerate ကုဒ်များဖြစ်သည့် R, Y, K, M, B, V, D, H, N တို့သည် GC ပါဝင်မှုအပေါ် တိကျသော သက်ရောက်မှု မသေချာသဖြင့် ပိုင်းခြေနှင့် ပိုင်းဝေ နှစ်ခုလုံးမှ ဖယ်ထုတ်ထားသည်။ ဆီကွန့်စ်အတွင်း ရေတွက်နိုင်သော base မရှိပါက ရာခိုင်နှုန်း ပြသမည်မဟုတ်ပါ။ ဤတန်ဖိုးသည် ပြောင်းလဲခြင်း လုပ်ဆောင်မှုကြောင့် ပြောင်းလဲသွားခြင်း မရှိပါ။
ကိုယ်ရေးအချက်အလက် လုံခြုံမှုနှင့် လုပ်ဆောင်ပုံ
သင့်ဆီကွန့်စ်ကို သင့်ဘရောက်ဇာထဲတွင်သာ ပြောင်းလဲပေးပါသည်။ BroBroGo သို့ မည်သည့်အရာမျှ ပေးပို့ခြင်းမရှိပါ။ လုပ်ဆောင်ချက်အားလုံးသည် သုံးစွဲသူ၏ စက်တွင်း၌သာ တိုက်ရိုက်ပြီးမြောက်သဖြင့် လုံခြုံစိတ်ချစွာ အသုံးပြုနိုင်သည်။
မကြာခဏမေးလေ့ရှိသော မေးခွန်းများ (FAQ)
Coding strand နှင့် Template strand တို့၏ ကွာခြားချက်မှာ အဘယ်နည်း။
ကုဒ်ဒင် (Coding - sense) strand သည် messenger RNA နှင့် ကိုက်ညီပြီး T နေရာတွင် U ဖြစ်သွားခြင်းသာ ကွာခြားပါသည်။ ပုံစံခွက် (Template - antisense) strand သည် ဆဲလ်မှ အမှန်တကယ် ဖတ်ရှုသော strand ဖြစ်သောကြောင့် base တစ်ခုစီကို ဖြည့်စွက်ဖက်အဖြစ် ပြောင်းလဲပေးပါသည် — A→U, T→A, C→G, G→C။ သင့်ဆီကွန့်စ်ကို ရေးသားထားသည့် ပုံစံနှင့် ကိုက်ညီသော strand ကို ရွေးချယ်ပါ။
RNA → DNA က ကျွန်ုပ်ကို ဘာပေးနိုင်မလဲ။
သင့် RNA ၏ DNA မိတ္တူတစ်ခုဖြစ်သည် — U တိုင်းသည် T ဖြစ်သွားပြီး ကျန်ရှိသောအရာအားလုံးမှာ မပြောင်းလဲဘဲ ကျန်ရှိနေမည်။ ၎င်းသည် reverse transcriptase မှ ထုတ်လုပ်ပေးမည့် cDNA ဆီကွန့်စ်ဖြစ်ပြီး နောက်ဆက်တွဲအသုံးပြုမည့် ကိရိယာတစ်ခုက DNA ကိုသာ လက်ခံသည့်အခါတွင် အသုံးဝင်ပါသည်။
N, R သို့မဟုတ် Y ကဲ့သို့သော မရေရာသည့်ကုဒ်များကို ကူးယူထည့်သွင်းနိုင်ပါသလား။
ဟုတ်ကဲ့။ မရေရာသော IUPAC စာလုံးများကို ထိန်းသိမ်းပေးထားပါသည် — ရိုးရိုးပြောင်းလဲခြင်းသည် T နှင့် U ကိုသာ ပြောင်းလဲပေးပြီး၊ Template-strand ပြောင်းလဲခြင်းသည် ကုဒ်တစ်ခုစီကို ၎င်း၏ သင့်လျော်သော ဖြည့်စွက်ဖက် (complement) သို့ ချိတ်ဆက်ပေးပါသည် (R↔Y, K↔M; S, W နှင့် N တို့မှာ မပြောင်းလဲဘဲ ကျန်ရှိနေမည်)။ Alignment gap အမှတ်အသားများ (-) ကို ထိန်းသိမ်းပေးထားပြီး စာလုံးအသေးများကိုလည်း စာလုံးအသေးအတိုင်း ထားရှိပေးပါသည်။
FASTA ခေါင်းစဉ်များ၊ ဂဏန်းများနှင့် ဟာကွက်များ ဘာဖြစ်သွားမလဲ။
> ဖြင့် စတင်သော အမည်လိုင်းကို ဆက်လက်ထိန်းသိမ်းထားပြီး ရလဒ်၏ အပေါ်တွင် ပြသပေးမည်ဖြစ်သည်။ ဟာကွက်များ၊ စာကြောင်းအကူးများ၊ ဂဏန်းများနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ်များကို လျစ်လျူရှုမည်ဖြစ်ပြီး၊ မည်မျှဖယ်ရှားခဲ့သည်ကို ထည့်သွင်းမှုအောက်ရှိ မှတ်စုတွင် ဖော်ပြပေးမည်ဖြစ်သည် — မည်သည့်အရာကိုမျှ အသိမပေးဘဲ ဖယ်ထုတ်မည်မဟုတ်ပါ။