မော်လီကျူးဇီဝဗေဒရှိ ဆီကွန့်စ်ပြောင်းလဲခြင်း လုပ်ငန်းစဉ်
DNA သို့မဟုတ် RNA ဆီကွန့်စ်တစ်ခုနှင့် အလုပ်လုပ်ရာတွင် ၎င်း၏ ဆန့်ကျင်ဘက်စတြန်း (strand) ကို ရှာဖွေရန် သို့မဟုတ် ဆီကွန့်စ်၏ ဦးတည်ရာလမ်းကြောင်းကို ပြောင်းလဲရန် လိုအပ်လေ့ရှိသည်။ DNA Reverse Complement ပြုလုပ်ကိရိယာသည် မျိုးရိုးဗီဇဆီကွန့်စ်များကို ဘေ့စ်တွဲဖက်မှုစည်းမျဉ်းများအတိုင်း အစားထိုးပေးခြင်း၊ ဆီကွန့်စ်လမ်းကြောင်းကို ပြောင်းပြန်လှန်ပေးခြင်း သို့မဟုတ် ထိုလုပ်ဆောင်ချက်နှစ်ခုလုံးကို ပေါင်းစပ်လုပ်ဆောင်ပေးခြင်းတို့ဖြင့် စံသတ်မှတ်ချက်ဖြစ်သော 5'→3' လမ်းကြောင်းအတိုင်း ဖတ်ရှုနိုင်သော ဆီကွန့်စ်များကို ထုတ်လုပ်ပေးသည်။
ဤကိရိယာသည် လုပ်ဆောင်ချက်များကို လုပ်ဆောင်ရာတွင် စာလုံးအကြီးအသေး (case preservation) နှင့် IUPAC မရေရာသောကုဒ်များ (ambiguity codes) ကို မပျက်မကွက် ထိန်းသိမ်းပေးပြီး FASTA အမည်လိုင်းများကို စနစ်တကျ ကိုင်တွယ်ပေးသည်။ ထို့အပြင် ဆီကွန့်စ်မဟုတ်သော စာလုံးများကို အလိုအလျောက် ဖယ်ရှားရှင်းလင်းပေးပြီး အချိန်နှင့်တစ်ပြေးညီ တုံ့ပြန်မှုများနှင့် ဆီကွန့်စ်ဆိုင်ရာ စာရင်းအင်းအချက်အလက်များကို ဖော်ပြပေးသည်။
ကိရိယာတွင် အသုံးပြုနိုင်သော ထည့်သွင်းမှုများနှင့် ရွေးချယ်စရာများ
အသုံးပြုသူသည် အောက်ပါအချက်အလက်များကို ထည့်သွင်းသတ်မှတ်နိုင်သည် -
- ဆီကွန့်စ်: DNA သို့မဟုတ် RNA ဆီကွန့်စ်ကို ထည့်သွင်းမှုဧရိယာတွင် ကူးယူထည့်သွင်းရမည်။ ၎င်းတွင် သာမန်စာသားသက်သက် သို့မဟုတ် ထိပ်ဆုံး၌
>ပါဝင်သော အမည်လိုင်း (FASTA format) ပါရှိသည့် ဆီကွန့်စ်များကို ထည့်သွင်းနိုင်သည်။ စာလုံးအရေအတွက် ကန့်သတ်ချက်ထက် ကျော်လွန်ပါက "ထိုဆီကွန့်စ်သည် ဤကိရိယာအတွက် ရှည်လွန်းနေသည်။ စာလုံးအရေအတွက်‹max›အောက်သာ ထားရှိပေးပါ။" ဟူသော အမှားသတိပေးချက် ပေါ်လာမည်ဖြစ်သည်။ စံ DNA/RNA ဘေ့စ်စာလုံးများနှင့် IUPAC မရေရာသောကုဒ်များ (R, Y, K, M, B, V, D, H, S, W, N) ကို အထောက်အပံ့ပေးပြီး ကွက်လပ်များ၊ ဂဏန်းများနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ်များကိုမူ အလိုအလျောက် လျစ်လျူရှုကာ ဖယ်ရှားပေးသည်။ - လုပ်ဆောင်ချက်: အောက်ပါ လုပ်ဆောင်ချက်သုံးမျိုးအနက်မှ တစ်ခုကို ရွေးချယ်နိုင်သည် -
- "ပြောင်းပြန်ဖြည့်ဘက်အစီအစဉ်" (Reverse complement)
- "ဖြည့်ဘက်အစီအစဉ်" (Complement)
- "ပြောင်းပြန်အစီအစဉ်" (Reverse)
စနစ်၏ တုံ့ပြန်မှုများနှင့် ရလဒ်ပြသမှုများ
လုပ်ဆောင်ချက် ပြီးမြောက်ပါက အောက်ပါအချက်အလက်များကို ရလဒ်အဖြစ် ထုတ်ပေးသည် -
- ရလဒ်: ပြောင်းလဲပြီးသော ဆီကွန့်စ်ကို "ရလဒ်" ဟူသော အညွှန်းအောက်တွင် ပြသပေးသည်။
- အခြေအနေပြ သတင်းစကားများ:
- ကိရိယာတွင် မည်သည့်အချက်အလက်မျှ မရှိသေးပါက "အဆင်သင့်ဖြစ်ပါပြီ။ DNA သို့မဟုတ် RNA ဆီကွန့်စ်တစ်ခုကို ကူးယူထည့်သွင်းပါ။" ဟု ပြသမည်ဖြစ်သည်။
- လုပ်ဆောင်ချက် အောင်မြင်စွာ ပြီးဆုံးပါက "
‹operation›အဆင်သင့်ဖြစ်ပါပြီ။" ဟု ပြသသည်။ - အချက်အလက်မရှိဘဲ လုပ်ဆောင်ရန် ကြိုးပမ်းပါက "ပြောင်းလဲရန် ဆီကွန့်စ်တစ်ခုကို ကူးယူထည့်သွင်းပါ။" ဟု ပြသသည်။
- အချက်အလက်များကို ရှင်းလင်းလိုက်ပါက "ရှင်းလင်းပြီး။" ဟု ပြသသည်။
- နမူနာဆီကွန့်စ်ကို ထည့်သွင်းလိုက်ပါက "နမူနာကို ထည့်သွင်းပြီးပြီ။" ဟု ပြသသည်။
- ရလဒ်ကို ထည့်သွင်းမှုဧရိယာသို့ ပြန်လည်ရွှေ့ပြောင်းပါက "ရလဒ်ကို ထည့်သွင်းမှုဧရိယာသို့ ရွှေ့လိုက်ပြီ။" ဟု ပြသသည်။
- လုပ်ဆောင်မှုဆိုင်ရာ မှတ်စုများ:
- "ကွက်လပ်၊ ဂဏန်းနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ်
‹n›ခုကို လျစ်လျူရှုခဲ့သည်။" (ဖယ်ရှားလိုက်သော ဆီကွန့်စ်မဟုတ်သည့် စာလုံးအရေအတွက်ကို ပြသသည်)။ - "အမည်လိုင်းကို ထိန်းသိမ်းထားသည်။" (FASTA ဟဲဒါလိုင်းတစ်ခုကို ထိန်းသိမ်းထားကြောင်း ပြသသည်)။
- "အမည်လိုင်း
‹n›ခုတွေ့ရှိသည် — ဆီကွန့်စ်လိုင်းများကို တစ်ခုတည်းအဖြစ် ပေါင်းစည်းလိုက်သည်။" (FASTA ဟဲဒါလိုင်း အများအပြားကို တွေ့ရှိပြီး ပေါင်းစည်းလိုက်သောအခါ ပြသသည်)။ - "RNA ကို ရှာဖွေတွေ့ရှိသည် — A ကို U နှင့် တွဲဖက်ပေးသည်။" (RNA ဆီကွန့်စ်ကို ရှာဖွေတွေ့ရှိသောအခါ ပြသသည်)။
- "ကွက်လပ်၊ ဂဏန်းနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ်
- ဆီကွန့်စ်ဆိုင်ရာ စာရင်းအင်းများ: "ထည့်သွင်းထားသော ဘေ့စ်များ"၊ "ရလဒ် ဘေ့စ်များ" နှင့် "GC ပါဝင်မှုနှုန်း" တို့ကို တွက်ချက်ပြသပေးသည်။
လုပ်ဆောင်မှုဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းများနှင့် အထူးအခြေအနေများ
ဤကိရိယာသည် တိကျသော ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းများအတိုင်း အလုပ်လုပ်သည် -
- DNA နှင့် RNA ခွဲခြားခြင်း: ထည့်သွင်းထားသော ဆီကွန့်စ်တွင် "U" ပါဝင်ပြီး "T" မပါဝင်ပါက ၎င်းကို RNA အဖြစ် အလိုအလျောက် သတ်မှတ်ပြီး "A" ကို "U" နှင့် တွဲဖက်ပေးသည်။ အခြားအခြေအနေများတွင်မူ DNA အဖြစ် သတ်မှတ်ပြီး "A" ကို "T" နှင့် တွဲဖက်ပေးသည်။
- IUPAC မရေရာသောကုဒ်များ တွဲဖက်မှု: မရေရာသော ကုဒ်များအတွက် "R" ကို "Y" ဖြင့်လည်းကောင်း၊ "K" ကို "M" ဖြင့်လည်းကောင်း၊ "B" ကို "V" ဖြင့်လည်းကောင်း၊ "D" ကို "H" ဖြင့်လည်းကောင်း အပြန်အလှန် လဲလှယ်ပေးပြီး "S"၊ "W" နှင့် "N" တို့ကိုမူ မပြောင်းလဲဘဲ ထားရှိသည်။
- စာလုံးအကြီးအသေး ထိန်းသိမ်းခြင်း: မူရင်းဆီကွန့်စ်ရှိ စာလုံးအကြီးအသေးကို ရလဒ်တွင် ပုံမပျက် ဆက်လက်ထိန်းသိမ်းပေးသဖြင့် စာလုံးအသေးဖြင့် မှတ်သားထားသော နယ်ပယ်များကို လွယ်ကူစွာ ခွဲခြားနိုင်သည်။
- FASTA ဟဲဒါများ ကိုင်တွယ်ခြင်း: ထိပ်ဆုံးရှိ
>အမည်လိုင်းတစ်ခုကို ရလဒ်၏ ထိပ်ဆုံးတွင် ဆက်လက်ထိန်းသိမ်းပေးသည်။ အမည်လိုင်း အများအပြား ပါဝင်နေပါက ဆီကွန့်စ်လိုင်းအားလုံးကို တစ်ခုတည်းအဖြစ် ပေါင်းစည်းပေးသည်။ - အမှားသတိပေးချက်များ: ခွင့်မပြုထားသော စာလုံးများ ပါဝင်လာပါက "အထောက်အပံ့မပေးသော စာလုံးများ -
‹chars›။ DNA/RNA ဘေ့စ်စာလုံးများကိုသာ ခွင့်ပြုသည်။" ဟူသော အမှားသတိပေးချက်ကို ပြသပေးမည်ဖြစ်သည်။
ကိုယ်ရေးအချက်အလက် လုံခြုံမှုနှင့် လုပ်ဆောင်ပုံစနစ်
သင့်ဆီကွန့်စ်သည် သင့်စက်ပစ္စည်းပေါ်တွင်သာ ရှိနေမည်ဖြစ်သည်။ ၎င်းကို သင့်ဘရောက်ဇာထဲတွင်သာ ပြောင်းလဲပေးပြီး မည်သည့်အခါမျှ အပ်လုဒ်တင်မည်မဟုတ်ပါ။
အမေးအဖြေများ (FAQ)
Complement နှင့် Reverse complement တို့၏ ကွာခြားချက်မှာ အဘယ်နည်း။
Complement (ဖြည့်ဘက်) သည် ဘေ့စ်တစ်ခုချင်းစီကို ၎င်း၏တွဲဖက်ဘေ့စ် (A ကို T ဖြင့်၊ C ကို G ဖြင့်) နှင့် အစားထိုးလဲလှယ်ပေးသော်လည်း မူရင်းအစီအစဉ်အတိုင်း ထားရှိပေးသဖြင့် 3'→5' လမ်းကြောင်းအတိုင်း ဖတ်ရှုရသည်။ Reverse complement (ပြောင်းပြန်ဖြည့်ဘက်) သည် အစီအစဉ်ကိုပါ ပြောင်းပြန်လှန်ပေးသဖြင့် သင့်ဆီကွန့်စ်နှင့် အမှန်တကယ် ဘေ့စ်တွဲဖက်ပေးမည့် ဆန့်ကျင်ဘက်စတြန်း (strand) ကို ရင်းနှီးပြီးသားဖြစ်သော 5'→3' လမ်းကြောင်းအတိုင်း ပြန်လည်ရရှိစေသည်။
Reverse PCR primer သည် အဘယ်ကြောင့် reverse complement ကို အသုံးပြုရသနည်း။
Primer များကို 5'→3' လမ်းကြောင်းအတိုင်း ရေးသားကြသည်။ Reverse primer သည် ပစ်မှတ်၏ အဝေးဆုံးအစွန်းရှိ ဆန့်ကျင်ဘက်စတြန်းနှင့် ပေါင်းစည်းသဖြင့် ထိုအစွန်းရှိ ဆီကွန့်စ်ကို ယူပြီး reverse-complement ပြုလုပ်ရသည်။ ရလဒ်သည် ပစ်မှတ်ဆီသို့ ပြန်လည်ဦးတည်နေမည်ဖြစ်ပြီး သင်မှာယူရမည့် ဆီကွန့်စ်အတိအကျ ဖြစ်လာသည်။
N၊ R သို့မဟုတ် Y ကဲ့သို့သော မရေရာသောကုဒ်များကို ကူးယူထည့်သွင်းနိုင်ပါသလား။
ရရှိနိုင်ပါသည်။ မရေရာသော IUPAC စာလုံးများသည် ၎င်းတို့၏ ကိုယ်ပိုင်တွဲဖက်မှုစည်းမျဉ်းများအတိုင်း လုပ်ဆောင်ပါသည် — R ကို Y ဖြင့်၊ K ကို M ဖြင့်၊ B ကို V ဖြင့်၊ D ကို H ဖြင့် အသီးသီးလဲလှယ်ပြီး S၊ W နှင့် N တို့မှာမူ မပြောင်းလဲဘဲ ရှိနေပါမည်။ စာလုံးအကြီးအသေးကို ထိန်းသိမ်းပေးသဖြင့် စာလုံးအသေးဖြင့် မှတ်သားထားသော နယ်ပယ်အမှတ်အသားများ ပျက်ပြယ်သွားမည်မဟုတ်ပါ။
၎င်းသည် RNA နှင့် အလုပ်လုပ်ပါသလား၊ FASTA ဟဲဒါများ မည်သို့ဖြစ်သွားမည်နည်း။
ရရှိနိုင်ပါသည်။ U ပါဝင်ပြီး T မပါဝင်သော ဆီကွန့်စ်ကို RNA အဖြစ် သတ်မှတ်သဖြင့် A ကို U နှင့် တွဲဖက်ပေးမည်ဖြစ်ပြီး အခြားအခြေအနေများတွင်မူ A ကို T နှင့် တွဲဖက်ပေးမည်ဖြစ်သည်။ ထိပ်ဆုံးရှိ > အမည်လိုင်းကို ရလဒ်၏အပေါ်ဆုံးတွင် ဆက်လက်ထိန်းသိမ်းပေးထားပြီး ကွက်လပ်များ၊ ဂဏန်းများနှင့် ပုဒ်ဖြတ်ပုဒ်ရပ်များကိုမူ ဖယ်ရှားရှင်းလင်းကာ ထည့်သွင်းမှုဧရိယာအောက်တွင် အရေအတွက်တွက်ချက်ပြသပေးသည်။