DNA RNA raðabreytir

Flæði erfðafræðilegra upplýsinga og raðabreytingar

Í sameindalíffræði fylgir flæði erfðafræðilegra upplýsinga ákveðinni grundvallarreglu þar sem upplýsingar eru afritaðar úr tvíþátta DNA yfir í einþátta RNA (umritun) og þaðan þýddar yfir í prótein. Þegar unnið er með raðgreiningargögn í rannsóknum þarf oft að herma eftir þessum náttúrulegu ferlum eða snúa þeim við á stafrænu formi.

Þegar DNA er umritað í RNA í frumunni þjónar annar strengurinn sem mót. Til að auðvelda greiningu og úrvinnslu á slíkum röðum gerir þetta tól kleift að breyta DNA-röðum yfir í RNA, eða RNA-röðum aftur yfir í DNA. Breytingin getur farið fram á tvo vegu eftir því hvort unnið er með kóðunarstreng (sense) eða mótstreng (antisense).

Kóðunarstrengur og mótstrengur

Þegar breytt er á milli DNA og RNA skiptir máli hvor strengurinn er notaður sem grunnur:

• Kóðunarstrengur (sense): Þessi strengur hefur sömu basaröð og boðbera-RNA (mRNA) sem verður til við umritun, að því undanskildu að DNA notar týmín (T) þar sem RNA notar úrasíl (U). Við breytinguna DNA → RNA verður hvert T að U. Við breytinguna RNA → DNA verður hvert U að T. Aðrir basar haldast óbreyttir.
• Mótstrengur (antisense): Þetta er strengurinn sem RNA-pólýmerasi les í raun og veru við umritun til að búa til mRNA. Við breytingu á mótstreng er hver basastafur fylltur út (complemented). Fyrir DNA → RNA gildir: A→U, T→A, C→G, G→C.

Lágstafir í röðinni halda sér sem lágstafir eftir breytinguna og samstillingarmerki (-) eru einnig varðveitt.

Meðhöndlun á óákveðnum IUPAC-kóðum

Í mörgum raðgreiningum koma fyrir óákveðnir basar þar sem ekki er fyllilega ljóst hvaða kirni er á viðkomandi stað. Tólið styður staðlaða IUPAC-IUB kóða fyrir óákveðna basa og fylgir reglum Cornish-Bowden (1985) við umbreytingu á mótstreng:

Við einfalda umbreytingu á kóðunarstreng (sense) breytast þessir kóðar ekki þar sem þeir innihalda ekki sértæka T↔U breytingu, en við umbreytingu á mótstreng (antisense) varpast þeir yfir í samsvarandi fyllikóða eins og sýnt er í töflunni.

Útreikningur á GC-hlutfalli

GC-hlutfall raðarinnar gefur mikilvægar upplýsingar um stöðugleika hennar, sem nýtist til dæmis við hönnun á vísum (primers) og við PCR-greiningar. Tólið reiknar út GC-hlutfallið samkvæmt eftirfarandi formúlu:

GC content = (G + C + S) / (A + C + G + T + U + W + S) × 100%

Í þessum útreikningi telur óákveðni kóðinn S (sterk tengi: G eða C) með í bæði teljara og nefnara, en W (veik tengi: A eða T) telur eingöngu með í nefnara. Aðrir óákveðnir IUPAC-kóðar (R, Y, K, M, B, V, D, H, N) eru alveg undanskildir útreikningnum þar sem framlag þeirra til GC-hlutfallsins er óvíst. Ef röðin inniheldur enga teljanlega basa er ekkert hlutfall sýnt. GC-hlutfallið breytist aldrei við umbreytingu, þar sem T↔U breytingar hafa ekki áhrif á G, C, A eða viðkomandi óákveðna kóða, og breyting á mótstreng víxlar aðeins bösum innan sama flokks (G↔C, A↔T/U).

FASTA-snið og síun á inntaki

Tólið er hannað til að vinna með FASTA-snið. Ef límd er inn röð sem byrjar á > (eða ; samkvæmt eldri venju) er sú lína meðhöndluð sem heitislína.

• Ef ein heitislína finnst er hún geymd og sýnd fyrir ofan niðurstöðuna og skilaboðin Heitislína geymd. birtast.
• Ef margar heitislínur finnast eru raðirnar sameinaðar í eina samfellda röð og skilaboðin {n} heitislínur fundust — raðir voru sameinaðar í eina. birtast.

Öll bil, línubil, tölustafir og greinarmerki eru sjálfkrafa fjarlægð úr röðinni við vinnslu. Fjöldi þeirra stafa sem voru hreinsaðir út er sýndur með tilkynningunni Hunsaði {n} bil, tölustafi og greinarmerki..

Ef inntakið fer yfir 2.000.000 stafi stöðvast vinnslan og villan Þessi röð er of löng fyrir þetta tól. Hafðu hana undir {max} stöfum. birtist. Ef röðin inniheldur óstudda bókstafi birtast villuboðin Óstuddir bókstafir: {chars}. Aðeins DNA/RNA basastafir eru leyfðir. þar sem allt að sex fyrstu óstuddu stafirnir eru tilgreindir.

Öryggi og vinnsla gagna

Þegar þetta tól er notað fer öll vinnsla og umbreyting á röðunum fram staðbundið í vafranum þínum. Engin gögn eða raðir eru sendar til BroBroGo.

Algengar spurningar

Hvað verður um FASTA-hausa, tölur og bil?

Heitislína sem byrjar á > er geymd og sýnd fyrir ofan niðurstöðuna. Hunsað er bil, línubil, tölustafi og greinarmerki, og athugasemdin undir inntakinu segir þér hversu mikið var fjarlægt — ekkert fellur brott í hljóði.

Get ég límt óákveðna kóða eins og N, R eða Y?

Já. Óákveðnum IUPAC-bókstöfum er viðhaldið: einföld umbreyting snertir aðeins T og U, og umbreyting á mótstreng (template) varpar hverjum kóða í réttan fyllibasa (R↔Y, K↔M; S, W og N halda sér). Samstillingarmerki (-) eru geymd og lágstafir halda sér sem lágstafir.

Hver er munurinn á kóðunarstreng og mótstreng?

Kóðunarstrengurinn (sense) samsvarar boðbera-RNA (mRNA), nema T verður U. Mótstrengurinn (antisense) er sá strengur sem fruman les í raun, þannig að hver fyllibasi er paraður: A→U, T→A, C→G, G→C. Veldu þann streng sem passar við það hvernig röðin þín var skrifuð.

Hvað gefur RNA → DNA mér?

DNA-afrit af RNA-röðinni þinni: hvert U verður T og allt annað helst óbreytt. Þetta er cDNA-röðin sem víxlriti myndi framleiða, sem er gagnlegt þegar annað tól tekur aðeins við DNA.