DNA RNA raðabreytir

Flæði erfðafræðilegra upplýsinga og raðabreytingar

Í sameindalíffræði fylgir flæði erfðafræðilegra upplýsinga ákveðinni grundvallarreglu þar sem upplýsingar eru afritaðar úr tvíþátta DNA yfir í einþátta RNA (umritun) og þaðan þýddar yfir í prótein. Þegar unnið er með raðgreiningargögn í rannsóknum þarf oft að herma eftir þessum náttúrulegu ferlum eða snúa þeim við á stafrænu formi.

Þegar DNA er umritað í RNA í frumunni þjónar annar strengurinn sem mót. Til að auðvelda greiningu og úrvinnslu á slíkum röðum gerir þetta tól kleift að breyta DNA-röðum yfir í RNA, eða RNA-röðum aftur yfir í DNA. Breytingin getur farið fram á tvo vegu eftir því hvort unnið er með kóðunarstreng (sense) eða mótstreng (antisense).

Kóðunarstrengur og mótstrengur

Þegar breytt er á milli DNA og RNA skiptir máli hvor strengurinn er notaður sem grunnur:

• Kóðunarstrengur (sense): Þessi strengur hefur sömu basaröð og boðbera-RNA (mRNA) sem verður til við umritun, að því undanskildu að DNA notar týmín (T) þar sem RNA notar úrasíl (U). Við breytinguna DNA → RNA verður hvert T að U. Við breytinguna RNA → DNA verður hvert U að T. Aðrir basar haldast óbreyttir.
• Mótstrengur (antisense): Þetta er strengurinn sem RNA-pólýmerasi les í raun og veru við umritun til að búa til mRNA. Við breytingu á mótstreng er hver basastafur fylltur út (complemented). Fyrir DNA → RNA gildir: A→U, T→A, C→G, G→C.

Lágstafir í röðinni halda sér sem lágstafir eftir breytinguna og samstillingarmerki (-) eru einnig varðveitt.

Meðhöndlun á óákveðnum IUPAC-kóðum

Í mörgum raðgreiningum koma fyrir óákveðnir basar þar sem ekki er fyllilega ljóst hvaða kirni er á viðkomandi stað. Tólið styður staðlaða IUPAC-IUB kóða fyrir óákveðna basa og fylgir reglum Cornish-Bowden (1985) við umbreytingu á mótstreng:

Við einfalda umbreytingu á kóðunarstreng (sense) breytast þessir kóðar ekki þar sem þeir innihalda ekki sértæka T↔U breytingu, en við umbreytingu á mótstreng (antisense) varpast þeir yfir í samsvarandi fyllikóða eins og sýnt er í töflunni.

Útreikningur á GC-hlutfalli

GC-hlutfall raðarinnar gefur mikilvægar upplýsingar um stöðugleika hennar, sem nýtist til dæmis við hönnun á vísum (primers) og við PCR-greiningar. Tólið reiknar út GC-hlutfallið samkvæmt eftirfarandi formúlu:

GC content = (G + C + S) / (A + C + G + T + U + W + S) × 100%

Í þessum útreikningi telur óákveðni kóðinn S (sterk tengi: G eða C) með í bæði teljara og nefnara, en W (veik tengi: A eða T) telur eingöngu með í nefnara. Aðrir óákveðnir IUPAC-kóðar (R, Y, K, M, B, V, D, H, N) eru alveg undanskildir útreikningnum þar sem framlag þeirra til GC-hlutfallsins er óvíst. Ef röðin inniheldur enga teljanlega basa er ekkert hlutfall sýnt. GC-hlutfallið breytist aldrei við umbreytingu, þar sem T↔U breytingar hafa ekki áhrif á G, C, A eða viðkomandi óákveðna kóða, og breyting á mótstreng víxlar aðeins bösum innan sama flokks (G↔C, A↔T/U).

FASTA-snið og síun á inntaki

Tólið er hannað til að vinna með FASTA-snið. Ef límd er inn röð sem byrjar á > (eða ; samkvæmt eldri venju) er sú lína meðhöndluð sem heitislína.

• Ef ein heitislína finnst er hún geymd og sýnd fyrir ofan niðurstöðuna og skilaboðin Heitislína geymd. birtast.
• Ef margar heitislínur finnast eru raðirnar sameinaðar í eina samfellda röð og skilaboðin ‹n› heitislínur fundust — raðir voru sameinaðar í eina. birtast.

Öll bil, línubil, tölustafir og greinarmerki eru sjálfkrafa fjarlægð úr röðinni við vinnslu. Fjöldi þeirra stafa sem voru hreinsaðir út er sýndur með tilkynningunni Hunsaði ‹n› bil, tölustafi og greinarmerki..

Ef inntakið fer yfir 2.000.000 stafi stöðvast vinnslan og villan Þessi röð er of löng fyrir þetta tól. Hafðu hana undir ‹max› stöfum. birtist. Ef röðin inniheldur óstudda bókstafi birtast villuboðin Óstuddir bókstafir: ‹chars›. Aðeins DNA/RNA basastafir eru leyfðir. þar sem allt að sex fyrstu óstuddu stafirnir eru tilgreindir.

Öryggi og vinnsla gagna

Þegar þetta tól er notað fer öll vinnsla og umbreyting á röðunum fram staðbundið í vafranum þínum. Engin gögn eða raðir eru sendar til BroBroGo.

Algengar spurningar

Hvað verður um FASTA-hausa, tölur og bil?

Heitislína sem byrjar á > er geymd og sýnd fyrir ofan niðurstöðuna. Hunsað er bil, línubil, tölustafi og greinarmerki, og athugasemdin undir inntakinu segir þér hversu mikið var fjarlægt — ekkert fellur brott í hljóði.

Get ég límt óákveðna kóða eins og N, R eða Y?

Já. Óákveðnum IUPAC-bókstöfum er viðhaldið: einföld umbreyting snertir aðeins T og U, og umbreyting á mótstreng (template) varpar hverjum kóða í réttan fyllibasa (R↔Y, K↔M; S, W og N halda sér). Samstillingarmerki (-) eru geymd og lágstafir halda sér sem lágstafir.

Hver er munurinn á kóðunarstreng og mótstreng?

Kóðunarstrengurinn (sense) samsvarar boðbera-RNA (mRNA), nema T verður U. Mótstrengurinn (antisense) er sá strengur sem fruman les í raun, þannig að hver fyllibasi er paraður: A→U, T→A, C→G, G→C. Veldu þann streng sem passar við það hvernig röðin þín var skrifuð.

Hvað gefur RNA → DNA mér?

DNA-afrit af RNA-röðinni þinni: hvert U verður T og allt annað helst óbreytt. Þetta er cDNA-röðin sem víxlriti myndi framleiða, sem er gagnlegt þegar annað tól tekur aðeins við DNA.